故事讲述伊理户水斗与绫井结女在初中时为男女朋友，因为一点小事互相误会，而在毕业时分手。然而升上高中的两人由于父母再婚，从前情侣成为兄妹，回忆加上同住一个屋檐下的状况，害得两人无法不注意对方的一举一动。...
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
