Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
