故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
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奥斯卡（田岛令子 配音）是名门之后，由于家中没有男丁，于是从小就被当做男孩养大。十四岁那年，奥地利和法国进行政治联姻，奥地利公主玛丽（上田美由纪 配音）即将嫁给法国王子路易（安原义人 配音），父亲将奥斯卡送入了宫殿侍卫队，赋予了她保护玛丽的重任，只为了家族能够在腥风血雨的宫廷斗争之中拥有自己的一席之地。之后，奥斯卡和玛丽结识了年轻的菲尔逊，两人同时爱上了这位风度翩翩的贵族，然而，菲尔逊选择了玛丽，他对玛丽的爱如此真挚和深沉，奥斯卡将这一切看在眼中，痛苦万分。皇帝去世，路易登基，玛丽因此成为了皇后，而她和菲尔逊之间的韵事已经逐渐无法再隐瞒下去。
据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
